Inicio su carrera como guionista de la serie "Búscate la vida" (Get a life) de Chris Eliott, asi como episodios para programas como Ned y Stacey y The Dana Carvey Show.

Nominado al Oscar y un premio Bafta por escribir "Being John Malkovich" (Como ser John Malkovich). Tambien escribió "Human Nature" dirigida por Michel Gondry.

Una de las que más me gustaron, personalmente, es la que le valió a otra nominación a Oscar y su segundo premio Bafta por "El ladrón de orquídeas" en la que trabajo con Spike Jonze.En este film presenta a un personaje que resulta ser una versión bastante irreal del escritor.

Tambien escribió "Confesiones de una mente peligrosa", pelicula biografica de Chuck Barris, un conductor de un programa de concursos del cual se pensaba que era un hombre clave de la CIA.

Kaufman se involucraba algo mas que cualquier guionista y justo en esta pelicula tuvo problemas con su director (George Clooney) por hacer alteraciones dramáticas al guion sin consultarlo con él. El guionista afirmó en una entrevista con William Arnold: : «Lo usual para un escritor es entregar un guión y luego desaparecer. Pero eso no es para mí. Quiero estar involucrado de principio a fin. Y estos directores (Gondry, Jonze) lo saben y lo respetan.»

Despues llego "Eternal sunshine of the spotless mind" ("Olvidate de mí!" en España y "Eterno resplandor de una mente sin recuerdos en Latinoamérica), segunda película con el director Michel Gondry, por el cual recibió su primer premio Oscar al mejor guión original, su tercer BAFTA y el prestigioso PEN American Center 2005.

Un patrón interesante en los trabajos de Kaufman es que a menudo se centran en un protagonista masculino introvertido, algo tímido, y una figura dominante femenina. Esto sucede con Eternal sunshine.. (Joel/Clementine), El ladrón de orquídeas (Charlie), y Cómo ser John Malkovich (Craig/Maxine).

Con la película "Synecdoche, New York" se estrenará como director.